根據九部委《標準施工招標文件》中通用合同條款的規定，項目合同變更的程序如下：

(一)變更的提出;

(二)變更指示根據九部委《標準施工招標文件》中通用合同條款的規定，變更指示只能由監理人發(fā)出。

二、招投標合同變更的條件

(一)原已存在的合同關(guān)系。

合同的變更，是改變原合同關(guān)系，無(wú)原合同關(guān)系便無(wú)變更的對象，所以合同的變更離不開(kāi)原已存在著(zhù)合同關(guān)系這一條件。合同無(wú)效，自始即無(wú)合同關(guān)系;合同被撤銷(xiāo)，合同自始失去法律約束力，亦無(wú)合同關(guān)系;追認權人拒絕追認效力未定的合同，仍無(wú)合同關(guān)系，在這些情況下，自無(wú)變更合同的余地。

(二)合同內容發(fā)生變化。

合同的變更采狹義說(shuō)，不包括合同主體的變更，僅指合同內容的變更，因此合同內容發(fā)生變化是合同的變更不可或缺的條件。

(三)合同的變更須依當事人協(xié)議或依法律直接規定及法院裁決，有時(shí)依形成權人的意思表示。

基于法律的直接規定而變更合同，法律效果可直接發(fā)生，不以法院的裁決或當事人協(xié)議為必經(jīng)程序。例如，債務(wù)人違約使履行合同的債務(wù)變?yōu)橘r償損失債務(wù)，系當然發(fā)生，但可由當事人協(xié)商賠償損失額，亦可訴請法院裁判。

合同的變更須經(jīng)法院裁決程序的，在我國法上有兩種，一是意思表示不真實(shí)的合同，如因重大誤解而成立的合同，不論是撤銷(xiāo)還是變更，均須經(jīng)過(guò)法院裁決;二是適用情事變更原則，無(wú)論是解除合同還是變更合同，均須法院裁決。

合同的變更基于形成權人單方意思表示的，例如選擇權人行使選擇權，使合同變更。

除此而外的合同變更，一律由當事人各方協(xié)商一致，達不成協(xié)議便不發(fā)生合同變更的法律效力(《合同法》第77條、第78條)。

(四)須遵守法律要求的方式

對合同的變更，法律要求采取一定方式的，須遵守這種要求?；谇槭伦兏瓌t變更合同，變更意思表示不真實(shí)的合同，須經(jīng)法院裁決的方式。當事人協(xié)議變更合同，有時(shí)需要采用書(shū)面形式，有時(shí)則無(wú)此要求。債務(wù)人違約而變更合同一般不強求特定方式。法律、行政法規規定變更合同應當辦理批準、登記等手續的，依照其規定。(《合同法》第77條第2款)。